İlçenin tarihinin Neolitik çağa kadar uzandığı Şuhut Hisar,Karaadilli, Kepirtepe Höyüğü'nün bu çağa ait eserler olduğu tahmin edilmektedir. Hitit döneminde ise Afyonkarahisar ve Kütahya illerinde hüküm süren Mira Krallığına bağlı bir prenslik olan Kuvalya'nın başkentinin Şuhut olduğu bilinmektedir. Şuhut'un netleşmiş biçimdeki tarihi ise, Alemas adlı Frig komutanının Truva Savaşlarınakatılan ve mağlûplar arasında yer alan birliklerini buraya kadar çekerek M.Ö. hâkimiyeti 1180 yıllarında "Synnada" kentini kurmasıyla başlamaktadır. M.Ö. 3500'lere kadar uzanan tarihi içinde Roma döneminde bir başkent ve medeniyet merkezi olmuştur.

        Bugünkü Şuhut, Truva Savaşları sonunda Trakyalı, Makedonyalı ve Ahiyalı birlikleriyle bölgeye gelen Akomas tarafından "Synnada" adıyla M.Ö. 1180'de kurulmuştur. Daha sonraki yıllarda ise Synnada'nın önce Lidya, daha sonrada Pers hâkimiyeti altına girdiği görülmektedir. Hatta Perslere sığınan Atinalı ünlü komutan Alkibiyedes M.Ö. 404 yılında bugünkü Balçıkhisar Kasabası sınırları içerisinde yer alan "Melisse" çiftliğinde ölmüştür. Daha sonraki yıllarda Romalılar ve Bizanslıların egemenliğine girdiği bilinmektedir. Bizans döneminde "cfut" olan adı ise değişikliğe uğrayarak önce "çıfut" olmuş, Türk hâkimiyetine girdiğinde (1219) İslâm askerleri içinde bulunan Şeyh Şuhudi Ömer Efendi'ye izafeten "Şuhut" adını almıştır. Türk hâkimiyetindeki Şuhut, 1150 yıllarında Orta Asya'nın güneyinden göç eden Akan Boyu Türklerince kurulmuştur. Kurtuluş Savaşında Şuhut, kısa süre de Atatürk'ü ve dolayısıyla da başkomutanlık karargahına ev sahipliği yapmıştır.

        Şuhut, 1862'de yıkıcılığı yüksek olan bir deprem geçirdi ve binaların yarısı ile çok sayıda tarihi anıt yıkıldı.

        Şuhut 1884 yılında bucak oldu. 1896 yılında köy, 1912 yılında yeniden bucak olmuştur.

        Şuhut'ta belediye teşkilatı bucak düzeyinde 1913 yılında kurulmuştur. Şuhut 1946 yılında ilçe olmuştur.